赎罪券变质为教会搜刮钱财的工具,引起了宗教人士及百姓的不满,马丁·路德写成九十五条论纲,斥责教皇的无耻行径。并由此引发对现在都具有深远影响的宗教改革运动。到1562年,因为东正教和罗马天主教都对赎罪券不满, 天主教特伦托会议(The Council of Trent)决定停止赎罪券的发行。
教皇乌尔班二世(Pope Urban II),于1095年,发动第一次十字军运动,为了让十字军战士加强其宗教信仰,教皇宣布所有参军的人,可以获得减免罪罚。并为每一位十字军人发放赎罪券。教会能够减免罪罚的理论根据,是以为教会掌握要“功德库”,储存基督无限的恩功,和殉道圣徒的多馀有限善功,可以拨给信徒,以抵减他们犯罪应得的刑罚。